台灣軍事戒嚴期間係以「戒嚴法」、「動員戡亂時期臨時條款」、「動員戡亂時期檢肅匪諜條例」、「懲治叛亂條例」等法律為治理基礎。
依動員戡亂時期國防部組織法第四條：「國防部參謀本部下轄陸軍、海軍、空軍、聯合勤務、警備各總司令部、憲兵司令部及軍管區司令部，為適應軍事作戰需要，得設戰區指揮部或其他機構；其組織由國防部定之。」
因此警備總司令部與陸、海、空軍總司令同屬軍令系統，應受參謀總長之統轄。
國防部依據上述法令授權，訂定台灣警備總司令部組織規程，規定：「台灣警備總司令部主管台灣地區警備、治安、民防、戒嚴、衛戍及協助緝私檢查事務，以維護社會安寧，保衛國家安全」。台灣警備總司令部依法遂行其組織規則，在台灣實施戒嚴長達卅餘年時間，台灣警備總部監控防堵左翼勢力滲透發展、違禁物品輸入、非正規的軍事攻擊，以確保台灣政治制度，社會安定與經濟繁榮。
台灣警備總部在1985年以前原轄有四個警備總隊兵力，但這四個警備總隊為專責固守海防、橋樑、隧道的專責部隊，因此在其他非軍事作戰支援方面的警備任務必須與其他武裝部隊簽訂作戰協定書予以支援。
警總係以軍事機關取代警察及國家安全局，以軍事作戰的任務編組擔任起治安以及情報任務，憲兵除具備法定軍司法警察身分，並兼具軍事武裝部隊與治安情報機關，因此大部任務由憲兵支援警總協力執行。
憲兵主要支援警備總部三大任務性質工作；蓋警總之特性為「軍事性、政治性與社會性」，與憲兵綱要中的「政治、戰鬥、警察、情報」之四大歸納特性相輔相成，憲兵可以支援警總任務需要，自民國四十七年警備總部成立即與憲兵司令部簽訂作戰協定支援警備作戰。
以下則大致概說憲兵支援警備總部兩大警備作戰內容：
(一)警備：計有警備作戰、衛戍作戰與海岸警備。
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| 憲兵警虹任務部隊 |
１、在警備作戰方面：主要運用憲兵部隊的都市戰鬥特性、情治作為、憲兵特戰力量，由警備總部發動警虹、鎮遠等命令，指揮憲兵部隊執行反滲透、反騷動暴亂、反突擊、反破壞等任務，以確保國家安全。
憲兵傳統擔任府院高層警衛部隊，警備總部為台北衛戍區任務權責單位，負責指揮憲兵部隊執行高級官署警安計畫，以保障中樞安全。
各地區重要行政機關，依鎮遠計畫，地區憲兵控制兵力於平時待命，接受地區警備司令命令支援官署突發狀況應變處理。
警總並定期召開廣電安全會報，由憲兵負責對地區各公營電視台、廣播發射站的實體安全維護。
各地警備區負責之一般國防設施安全維護如油庫、輸油管線等，則由警總與憲兵簽訂作戰協定書，由地區憲兵提供兵力擔任一般警衛、巡邏警戒等方式保護。
1970年代，除假想中國的正規軍事攻擊，鑑於國際恐怖局勢的蔓延，恐怖無預警的突擊層出不窮！台灣屬於親美軍事結盟體，亦有陷於恐怖攻擊的可能，此年代以後的建軍計畫則以此為假想。這個年代中期，因為中壢事件的影響，與兩岸戰略局勢的改變，屬於反攻大陸的主力部隊在軍事會議的決議下全數改編為憲兵，作為大型鎮暴部隊使用。
1980年代，參謀本部想定海外台獨與敵對勢力結合進行顛覆，憲兵部隊主要支援警總以反制台獨組織設計的「反都市游擊戰」任務為主要訓練。
為達成預警的縮短與快速指揮，警備總部於1983年策頒「警虹」、「平遠」，1987年策頒「平安」、「鎮遠」等各計畫案越過國防部聯三作戰參次，由警備總部直接指揮憲兵相關勤務單位立即執行任務，使能更機動迅速爭取時效，以杜絕蔓延。
◆ＳＷＡＴ的訓練建編：
台灣在1970年代因有鑑於巴勒斯坦游擊武裝份子與日本赤軍聯在國際間採取無預警恐怖突擊，各地區指揮部相繼成立反突擊排，除二Ｏ一、二Ｏ二轄兩個突擊排，
各指揮部轄一個突擊排，共八個突擊排分佈於全台，平時支援地區警備司令部做專案之逮捕、押解、監護等勤務，突擊時迅速機動至地點擔任反制應變任務。
在慕尼黑事件後，政府於1977年參考以色列特種部隊在台北林口成立憲兵特種勤務中隊，作為台灣北部地區的反劫持、反暴亂的快速特種兵力，並各置一個區隊於台北松山機場與桃園中正機場。平時待命，遇狀況時由各地警備司令部或機場協調中心發戰情至台北警總警備處戰情中心，由警總依專責計劃案直接命令指揮。
執行地區反暴亂反劫持任務時，由地區警備司令部成立專案指揮部指揮。
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| | 首都地區反騷動暴亂 |
２、在台北衛戍作戰方面：以全面治安為基礎，台北首都憲兵部隊採取武裝警衛、安全、反騷動暴亂等措施，以維護領導中心、鞏衛台北市中樞安全。
台灣的軍事防衛體系自1952年成立「台北衛戍司令部」以，即將台北市畫為單獨之作戰區，歷來作戰區之劃分，台北市依舊獨立於鄰近之作戰區外，國軍軍語稱為「台北衛戍區」。
1958年成立台灣警備總司令部，將台北衛戍區納入警備總部之權責，由副總司令兼任台北衛戍司令。
期間於1970年將衛戍區劃分福山、博愛兩個警備區，由憲兵二Ｏ一、二Ｏ二指揮部兼任警備區指揮部。
1983年起由憲兵二Ｏ二指揮部全面接替台北衛戍區。
◆台北衛戍區：
警備總部以「台北衛戍區作戰會報」召集憲兵司令部、憲兵二Ｏ二指揮部等在台北市的各治安機關，每年不定期於警備總部召開數次會報，參與會報之治安機關須向警備總部提報台北市內之社會動態暨治安狀況，以先期情報發覺衛戍區在非正規軍事上的不確定安全因素，如非常態的人、車、爆裂物的進入；再者先知先導掌握正副元首上下班與蒞場時的聯合警衛安全情報，並能維護黨政軍核心區的文武官署安全穩定。
台北市憲兵隊並轄四個憲兵區隊，警務組與所轄區分組，先行彙整衛戍區內社情治安資料，於警總召開衛戍區安全會報時由憲兵二Ｏ二指揮部警務組長向警備總部提報。
衛戍區外圍採取軍事攔截檢查手段，進入台北市的聯外道路、橋樑、隧道設置連、排據點兵力，透過警衛情報、警衛目視，嚴密監控偵查非常情況，做中樞核心的預警縱深。衛戍區外圍據點兵力原由圓山衛戍步兵師負責，迨1982年起陸續由憲兵全面接替。
警備總部警備處以主管機關對台北市憲兵外圍據點實施指揮督導，透過軍事無線通聯對全部或個別憲兵據點指揮攔截阻止任務與第一波預警作戰。
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◆防爆編組：
台北市在1983年4月發生「兩報爆炸案」，除由陸軍總部支援警備總部一個防爆小組常駐台北，憲兵共採購七套英國製造先進防爆裝備，於全台五個憲兵指揮部突擊排成立五個防爆小組、憲兵特勤隊成立防爆組任務編制一個防爆分隊；除擔任各責任區爆裂物拆解排除，並負責特定人士蒞臨場所警衛區之安全偵檢（寧安任務）。台北市防爆安檢任務由警總警備處指揮，桃園中正國際機場防爆安檢任務由警總駐機場協調中心指揮。
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◆全民聯合作戰：
國民黨為黨國體制，民防演練動員時，不分黨、政、軍、民各單位一律參加，以發揮全民力量實施總體戰，舊稱「黨政軍民聯合作戰」，簡稱「全民聯合作戰」。
警備總部依據總動員法為「台澎地區總動員會報」召集單位；全台四個地區警備司令部、十八個分區指揮部為負責協調轄區憲、警及有關情治單位執行地區警備任務，
以執行反騷亂、反海上滲透之職掌機關，召開各縣市「聯戰會報」指揮。
相關演習內容有遭受空襲、原子彈攻擊時的救災、防火、毒物檢測、騷動暴亂鎮壓。
地區憲兵指揮系統主要擔任”黨政軍應變準備”，憲兵部隊擔任警報發布時之秩序維護、引導疏散；群眾暴亂時，憲兵聯合軍、警編組，以各種砌字隊形鎮壓瓦解。
1978年後，將原本各自分開舉行的各種假想動員防護演習合併，每年在各縣市舉行一次演練，由地區警備分區指揮部（團管區司令）擔任演習統裁官，稱為「萬安演習」。
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| 海防線監視、漁港船澳安檢管制 |
３、海岸警備：以海防憲兵班哨之強化，建立海岸警備面，協同友軍嚴密檢查管制，採取「點」的守備，「線」的巡邏，「面」的攔截，並加強海防督導，貫徹執行。
1987年6月，政府公佈解嚴令解除戒嚴法，依法須將由軍人身分執行原屬於內政的業務全部移交所屬（內政部）警政署賡續執行。時警察在保安警察方面仍未編成，仍有賴具司法警察身分的憲兵協助執行。國防部因應解嚴憲兵須大量支援保安警力，由警總策訂「國軍憲兵部隊運用計畫」、「國防部憲兵支援警力計畫」，另憲兵司令部另與警政署簽訂「憲兵支援警察協定」（簡稱”憲警協定”），在警政署各項勤務上的不足由警察提出申請後，憲兵核撥兵力，以有效支援警力。
政府另制定實施「動員戡亂時期國家安全法」，依據該法第四條，警備總部為治安機關，警總指揮憲警單位仍具法源基礎，憲兵於機場、港口、漁港、船澳派駐兵力，對入出境之各項人員、載具、物品實施安全檢查，而警備總部則有管制憲兵之權，警總依該法指揮督導各憲警單位之權力仍舊屹立不搖！
至1992年警備總部裁撤前，相關任務仍受警備總部警備處督導指揮。
1989年原憲兵司令周仲南調陞警備總司令，將憲兵諸多上校與少將帶到警總，使得警總在裁撤前的一級單位主管多數由憲兵將校擔任。
警備總部係依據動員戡亂法規而設立，宣布解嚴並不影響其法律基礎，直至1991年5月1日政府公佈廢止動員戡亂時期臨時條款，才使警總喪失存在法理依據。
◆貨櫃安檢：
1984年國防部鑑於走私猖獗，於11月24日命令一個憲兵營510名憲兵支援警備總部檢查管制處貨櫃檢查任務。兵力分置基隆、台中港、中壢、高雄等海關，負責各商港的進口貨櫃，進行押運及落地追蹤檢查，務求防堵不肖商人藉貿易之便，從事走私不法勾當，由憲兵採樣抽查貨櫃安檢，
並由憲兵押運貨櫃車落地追蹤至卸貨目的地開櫃查驗，
以杜絕貨櫃走私，於12月1日開始接受警備總部作戰管轄。
1986年7月15日，台灣地區解嚴，檢查任務由警備總部轉移內政部警政署，當時警政署保三警力尚未編成，憲兵仍奉 國防部命令繼續支援內政部警政署執行貨櫃安全檢查工作，並逐步移交保三總隊，到1987年6月憲兵執行貨櫃安檢已達廿四萬八千三百餘人次，檢查貨櫃數量超過卅六萬六千只，由憲兵所查獲各式槍枝五十二支、各式子彈一萬五千二百餘發，各式案件計一千兩百餘案，憲兵是當時台灣第一線貨櫃安檢主力。
直至1989年11月6日奉命解除任務。
惟因保三警力編成過緩，有鑑於在警力不足下，走私猖獗、黑槍氾濫，憲兵於1990年10月15日，奉 行政院治安會報指示：為整頓治安，實施大規模的聯合緝私行動，遂再度徵調憲兵部隊支援聯合檢查，自17日起，憲令部派遣476員憲兵兵力，分別進駐基隆海關、臺中海關及高雄海關等三處，採一憲一警方式實施，展開新一階段的緝私行動。
憲兵支援海關安檢直至1995年6月30日奉 國防部令解除，任務全部移交警政署保三總隊。
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◆漁港安檢管制：
1987年戒嚴後，警備總部原設於漁港、船澳之安檢所全數移交內政部警政署，保安警力尚未編成，形成海防疏漏，致走私偷渡惡化。因此警備總部策訂「憲兵支援警察協助漁港安檢工作執行計畫概要」，於1989年11月5日起，由憲兵支援兵力一千四百名，進駐全台九十七處漁港安檢據點，負責各哨口的守望警戒，及依潮汐和船隻的作業時間，對各漁船進行安全檢查，以增強漁檢執勤能力，杜絕走私與偷渡。
漁港安檢任務受警備總部警備處之督導，由海岸線的十四個地區警備分區指揮部實施巡邏、警戒、檢查、截攔等管制措施。
同月16日，因保警抽調擔任當年選舉勤務預備隊，憲兵派駐台澎地區一百八十四處各漁港澳兵力近兩千員達到顛峰，憲兵成為漁港澳安檢第一線主力。
漁港檢查任務直至1995年6月30日奉令終止，任務全部移交警政署保三總隊。。
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